Boris Shaposnhikov sinh năm 1882 tại thành phố Zlatoust thuộc tỉnh Chelyabinsk, Đế quốc Nga.

Năm 1901, ông nhập ngũ và vào đến năm 1910 thì tốt nghiệp Học viện Bộ Tổng tham mưu mang tên Nicholas. Trong vai trò chỉ huy một sư đoàn vệ binh Caucasus chiến đấu trong Chiến tranh thế giới thứ nhất, Shaposhnikov được thăng hàm Đại tá.

Năm 1917, Cách mạng tháng Mười nổ ra, Shaposhnikov gia nhập Hồng quân. Ông là một trong những chỉ huy đầu tiên của Hồng quân được đào tạo bài bản về quân sự, vì vậy năm 1921 Shaposhnikov được cử vào làm việc tại Bộ Tổng tham mưu Hồng quân. Năm 1925 ông chuyển sang làm Tư lệnh Quân khu Leningrad. Từ năm 1928 đến năm 1932 ông là Tư lệnh Quân khu Moskva và sau đó là Quân khu Privolzhsk.

Năm 1932 Shaposhnikov được cử làm Giám đốc Học viện quân sự Frunze, đến năm 1935 thì ông quay trở lại làm tư lệnh quân khu ở Leningrad. Năm 1937 Shaposhnikov được cử làm Tổng tham mưu trưởng Hồng quân thay thế cho Nguyên soái Aleksandr Ilyich Yegorov, người bị huyền chức và tử hình sau đó trong cuộc Đại thanh trừng. Ngày 7 tháng 5 năm 1940, cùng với Semyon Timoshenko và Grigory Ivanovich Kulik, Shaposhnikov được phong hàm Nguyên soái Liên bang Xô viết trong đợt phong hàm lần thứ hai của Liên Xô.

Có một điều đặc biệt là tuy giữ trọng trách trong Hồng quân, mãi đến năm 1930 Shaposhnikov mới gia nhập Đảng Bolshevik. Mặc dù xuất thân là sĩ quan cấp cao của quân đội Nga hoàng, nhưng ông vẫn được Stalin tin tưởng, trong ngăn kéo bàn làm việc của Stalin luôn có tác phẩm quan trọng nhất của Shaposnikov, cuốn Mozg Armii (tiếng Nga: Мозг армии, "Bộ não của quân đội"). Một lý do giải thích cho sự tin tưởng đặc biệt này là khảo luận "Về chiến dịch Vistula" năm 1924 của ông biện minh cho vai trò của Stalin trong thất bại của cuộc tấn công Vistula năm 1920[1] - thất bại gây ra nhiều tranh cãi và chia rẽ trong Hồng quân và chỉ chấm dứt cùng với cuộc Đại thanh trừng.